一、合同效力问题

根据《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第14条规定：本解释所称的合作开发房地产合同，是指当事人订立的以提供出让土地使用权、资金等作为共同投资，共享利润、共担风险合作开发房地产为基本内容的协议。第15条规定：合作开发房地产合同的当事人一方具备房地产开发经营资质的，应当认定合同有效。当事人双方均不具备房地产开发经营资质的，应当认定合同无效。但起诉前当事人一方已经取得房地产开发经营资质或者已依法合作成立具有房地产开发经营资质的房地产开发企业的，应当认定合同有效。原告与被告主体部分应当认定有效。合同履行部分按照《合同法》第56条规定：无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。第57条规定：合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。第58条规定：合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

原告与被告所签订合同的真实意思表示是：合作开发建房。原告实现合同目的主要时通过投资建房获得预期收益。被告收取保证金的目的主要是用于前期土地拆迁及其征用补偿，被告没有土地前期整理费用，以其融资方式达到自己完成土地使用权取得的目的是发生纠纷以后原告才知悉的。从被告与xxxx市xx区人民政府、土地收储中心签订《xxx北二环路北侧、xxx河东侧地块土地整理项目实施协议书》的内容看：被告根本没有土地前期整理能力，收取原告在内履约保证金的目的主要用于土地整理，该行为与原告签订《合作建设xxxx区综合楼协议》的合同目的相悖，原告诉讼请求解除合同主要是根据《合同法》第94条第一款第四项规定的合同目的已经无法实现。《合同法》第3条规定： 合同当事人的法律地位平等，一方不得将自己的意志强加给另一方。被告与原告签订《合作建设xxxx区综合楼协议》第一条约定：被告提供建设用地及其相关手续。招投标共同办理。根据合同履行顺序：原告交纳履约保证金的前提必须被告具备合法的土地使用权手续。如：国有土地使用权转让合同，或者国有土地使用权证等。原告交纳保证金2000万元时，必须具备开工条件。协议第五条第四款第六项约定：开工前x天，被告向原告发放开工入场通知书，原告应按期进场。原告进场施工的前提：第一、有合法的土地使用权手续；第二、已经同意收取保证金2000万元；第三、开工前x天书面通知进场施工。尔被告既没有合法的土地使用权手续，也没有书面提前x天进场施工，收取保证金时也没有书面提出异议或者拒绝收取保证金。《合同法》第77条规定：当事人协商一致，可以变更合同。被告分x次收取保证金是对该交付方式的变更，并且被告明知自己的行为可能造成合同不能履行或者无法履行时，仍然收取保证金2000万元的行为，构成根本违约或者预期违约，该行为已经给原告造成了特别巨大的经济损失。《合同法》第108条规定：当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满之前要求其承担违约责任。《合同法》第67条规定：当事人互负债务，有先后履行顺序，先履行一方未履行的，后履行一方有权拒绝其履行要求。先履行一方履行债务不符合约定的，后履行一方有权拒绝其相应的履行要求。被告收取保证金2000万元后，明知不具备施工条件会造成原告经济损失的情况下，仍未采取补救措施防止损失的扩大，造成原告损失的直接原因是协议无法继续履行所致，并非原告没有能力施工或者没有资金证明问题。按照协议约定：原告与被告合作开发的基础是：原告承担项目所需全部资金，被告承担土地使用权及其开发建设所需的全部合法证明手续。原告承担该协议约定项目的全部垫资施工，并且原告已经与施工单位、勘测设计单位、劳务施工单位签订了合同。如果原告已知被告没有合法的开工手续继续交纳保证金并开工的行为，就加大了原告的经济损失。《合同法》第119条规定：当事人一方违约后，对方应当采取适当措施防止损失的扩大；没有采取适当措施致使损失扩大的，不得就扩大的损失要求赔偿。当事人因防止损失扩大而支出的合理费用，由违约方承担。因此，原告发现被告没有合法的土地使用权证明材料以后，拒绝继续交纳约定保证金的行为不属于违约，而属于“先履行抗辩”，被告收取保证金2000万元并拒绝提供合法的土地使用权证明材料的行为，属于“预期违约”或“明示违约”。根据合同法规定，违约方并不享有合同解除权，无论是函告，还是通知，均不构成合同解除权，违约方行使解除的行为，应当认定为预期违约或者明示违约。《土地管理法》第56条规定： 建设单位使用国有土地的，应当按照土地使用权出让等有偿使用合同的约定或者土地使用权划拨批准文件的规定使用土地；确需改变该幅土地建设用途的，应当经有关人民政府土地行政主管部门同意，报原批准用地的人民政府批准。其中，在城市规划区内改变土地用途的，在报批前，应当先经有关城市规划行政主管部门同意。第76条规定： 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。《城乡规划法》第38条规定：在城市、镇规划区内以出让方式提供国有土地使用权的，在国有土地使用权出让前，城市、县人民政府城乡规划主管部门应当依据控制性详细规划，提出出让地块的位置、使用性质、开发强度等规划条件，作为国有土地使用权出让合同的组成部分。未确定规划条件的地块，不得出让国有土地使用权。以出让方式取得国有土地使用权的建设项目，在签订国有土地使用权出让合同后，建设单位应当持建设项目的批准、核准、备案文件和国有土地使用权出让合同，向城市、县人民政府城乡规划主管部门领取建设用地规划许可证。城市、县人民政府城乡规划主管部门不得在建设用地规划许可证中，擅自改变作为国有土地使用权出让合同组成部分的规划条件。第39条规定：　规划条件未纳入国有土地使用权出让合同的，该国有土地使用权出让合同无效；对未取得建设用地规划许可证的建设单位批准用地的，由县级以上人民政府撤销有关批准文件；占用土地的，应当及时退回；给当事人造成损失的，应当依法给予赔偿。当被告拒绝提供合法开工手续以后，原告并非故意拒绝与被告签订正式合同，协议也未约定由哪一方承担签订正式合同的义务。已经履行的协议从标的、数量、履行方式、违约责任等内容看，已经具备合同的主要条款。不存在原告拒绝签订合同问题，被告也没有举证证明原告拒绝签订正式合同或者哪一类正式合同或者被告能够证明未签订正式合同已经发出书面的要约或者要约邀请。

二、违约损害赔偿责任的法律依据问题

原告基于《合作建设xxxxx区综合楼协议》约定并交纳履约保证金2000万元义务后，如果被告认为原告违约，可以提出违约损害赔偿请求。原告缴纳2000万元保证金知悉被告没有合法土地使用权证明以后，拒绝继续缴纳1000万元保证金的行为，是“先履行抗辩”问题，并非违约行为。拒绝缴纳1000万元的行为，应当认定是防止损失进一步扩大的行为，并非故意违约问题。原告提供与施工相关的《建设工程施工合同》《勘测设计委托合同》《劳务分包合同》等合同以及履行合同中产生的相关费用已经证明原告为履行协议做好了前期工作，并且已经实际履行。被告否认原告为履行合同造成的损失207万元，尔举证证明向原告已退还1007万元，若否认退还原告费用包括损失，尔举证的事实则对原告不发生效力。原告收取相关单位履约保证金800万元，而实际由被告退还1007万元中，包括207万元的履约损害赔偿金在内。《合作建设xxxx区综合楼协议》第六条约定：工期为33个月，最晚不得超过36个月，违约金按照逾期一个月500万元，两个月1000万元，三个月5000万元，逾期一年无条件退场，前期投入作为违约金全部归被告所有；协议第九条约定：原告可以利用原告资质并共同委派财务人员对所收益的部分楼房进行销售，从销售日起，原告须保证其所取得的即时销售收入小于其即时所投入的建设成本5000万元。反之，超出部分须列入原、被告双方财务共管账户，经双方同意方可提取。原告主张违约金损失用于弥补已经造成的损失符合合同法规定及其合同约定。若按照已经造成的损失计算，原告为施工而产生的费用及其损失亦由被告承担全部赔偿责任。原告选择违约金损失用于弥补已经造成的损失，是根据《合作建设xxxxxx区综合楼协议》的约定，按照“契约”自由原则，原告的主张有事实和法律根据。

综上所述：按照原告与被告签订的《合作建设xxxxx区综合楼协议》约定：被告存在预期违约问题，预期违约不享有合同解除权，而应当承担违约损害责任。法律规定的目的在于保护非违约方的合法利益不受违法侵害。原告分x次将2000万元交付被告时，被告并没有提出异议或者拒绝接收。被告收取保证金2000万元以后至发生诉讼终结期间，既没有取得合法的土地使用权证明，也未完成土地开发的前期土地整理义务，土地目前状况提供原告提供的诉争场地照片、影像资料可以证明：该土地目前不具备开工建设条件。庭审已经查明，截止诉讼时，被告仍未取得该宗土地的使用权及其开发建设相关批准文件。持续时间已经超过29个月之多，被告收取保证金后，以原告违约为由拒绝退还保证金并承担违约损害赔偿损失的抗辩理由，无合法的事实根据和法律依据。原告依据协议和法律规定主张违约金损失和请求退还保证金的请求，有事实根据和法律依据。如果按照被告的抗辩理由，在应当承担先履行义务而拒绝承担先履行义务的情况下，要求合同相对人承担后履行义务责任，就违背了《合同法》第3条、第67条的规定，该行为将给非违约方造成更大的经济损失。因此，原告请求本院，根据上述事实和法律，查明诉讼的原因，并根据事实和法律判决支持原告的诉讼请求，诉讼费用全部由被告承担。